С самого начала университет развивался как монофакультетный университет, специализирующийся на ветеринарии. В 1990 году в университете были открыты два факультета - факультет ветеринарной медицины и факультет ветеринарной гигиены. В 1991 году был открыт третий факультет - фармацевтический факультет, специализирующийся на человеческой и ветеринарной фармацевтике, 1 июля 2020 года факультет перешел в Масариковов университет в Брно

Факультет ветеринарной гигиены и экологии / Fakulta veterinární hygieny a ekologie (FVHE VFU)

Факультет ветеринарной медицины / Fakulta veterinárního lékařství (FVL VFU)