В университете пять факультетов, в рамках которых преподается широкое разнообразие дисциплин, необходимых в 21 веке. Более 90% выпускников находят работу в течение года после выпуска. Они получают преимущество при трудоустройстве благодаря постоянным стажировкам и практикам, проводящимся в течение срока обучения.
Агрономический факультет / Agronomická fakulta (AF MENDELU)
Факультет лесного хозяйства и деревообработки / Lesnická a dřevařská fakulta (LDF MENDELU)
Факультет садоводства / Zahradnická fakulta (ZF MENDELU)
Экономический факультет / Provozně ekonomická fakulta (PEF MENDELU)